1951年7月11日創辦，稱“廣西省第四醫士學校”。

2003年，經教育部批準升格更名為“柳州醫學高等專科學校”，同時將原柳州地區人民醫院、柳州地區衛生學校歸屬學校管理。

2013年4月，原廣西工學院與原柳州醫學高等專科學校合并成立廣西科技大學得到教育部正式批準。學校成立醫學院，2014年起陸續開設醫學類本科專業。

2018年12月，根據新時代高等教育改革發展要求，結合學校實際，成立廣西科技大學醫學部，統籌各項醫學教育工作。

2024年7月，醫學部與生物與化學工程學院聯合成功申報生物與醫藥碩士專業學位授權點，實現辦學層次再次提升。